Velkommen til 1940'erne
Nu da 2. Verdenskrig raser, er der ikke megen udvikling af motorcykler hos BMW. Faktisk står udviklingen næsten stille så langt frem som til 1952. BMW, var som så mange andre tyske firmaer, fokuseret på at udstyre den tyske Wehrmacht (den tyske hær) i den første del af dette årti. Og da Tyskland endelig var blevet slået, stod BMW med udbombede fabriksbygninger og var tæt på at blive lukket af de Allierede magter.
1940
Flymotoren 801 bliver nu serie produceret. Ved slutningen af krigen var der fremstillet mere end 30000 af denne 14-cylindrede flymotor. Samme år vinder BMW's strømlinede model 328 Mille Miglia, der finder sted over flere omgange med start og slut linien i Brescia.
1941
BMW's vigtigste motorcykel produktion til krigen var den specielt designede R 75. Den var lige så effektiv på vejen som uden for vejen, og der ville blive lavet mange efterligninger. Der blev lavet 18000 R 75'er basseret på Alex Von Falkenhausen's design. Med den topventilede 750 cc motor kunne den yde 26 hk ved 4000 o/min og den havde drivaksel til sidevognens hjul, ligesom den havde fået hydrauliske bremser. Det var også nødvendigt med disse stærke bremser for at stoppe dens 420 kg. Den havde ekstra stor benzintank, to sæder og en sidevogn, R 75 blev brugt til rekonnosering, ordonans og angreb (når der var monteret maskingevær på sidevognen). Det er også den motorcykel fra 2. Verdenskrig, der altid bliver vist, når der laves film om dette emne.
1942
Motorcykel produktionen flyttes til Eisenach.
1943
BMW's jet motor 003 går i produktion.
1944
Motorcykel produktionen i Eisenach stopper.
1945
Lige før 2. Verdenskrig slutter, beordrer den tyske regering BMW's direktør Kurt Dornarth til at ødelægge alle produktions faciliteter i München. Men Dornarth ignorerede denne ordre. Et år senere, kommer samme ordre fra besættelses magten, det amerikanske militær. Og igen ignorerer Dornarth ordren. I stedet overlever BMW ved at producere landbrugs maskiner, trædecykler, hjælpemidler, gryder og pander - ting til at hjælpe den nu-fattige tyske befolkning.
1946
Eisenbach fabrikken, der overtages af russerne, fortsætter med en produktion af en Russisk efterligning af BMW's design. Disse R 35'ere får navnet EMW (Eisenbach Motoren Werke) og bliver markedsført med et logo der ligner BMW's, men i farverne rød og hvid. BMW har af de allierede fået forbud mod at producere deres egen motorcykel, men holder sig kørende ved at udføre reparationer på de Allieredes militær cykler.
1947
Da den internationale kontrol kommite endelig letter på restriktionerne for produktion af motorcykler, laver BMW tegningerne til det der bliver R 24. Den bliver udelukkende lavet af reservedele der er tilbage fra krigsproduktionen. Mens de stadig ikke er klar til at sætte deres egen motorcykel på markedet, holder BMW sig økonomisk flydende ved at lave 22000 trædecykler dette år.
1948
BMW begynder officielt produktionen af R 24 ved at bruge R 23's gearkasse med en moderne 1-cylindret motor - deres første efterkrigs maskine. Den har en 250 cc motor (det er den største der er tilladt af kontrol kommissionen), og R 24 er udstyret med centrifugal tænding, og gearpedal til dens 4-trins gearkasse. I denne periode laver BMW deres første planer for en to-takts motorcykel. Det var et meget mere simpelt design som tager højde for manglen på materialer på dette tidspunkt.
1949
Der er nu produceret 17000 R 24'er og BMW er begyndt at komme sig ovenpå 2. Verdenskrig. Det er i 1949 at BMW introducerer R 50/2 og R 51/2. Disse maskineer bliver kritiseret for at være firmaets første kompromis i deres produktion. Motorcykel entusiasterne hentyder til Karl Popp's ""kun det bedste er godt nok"" filosofi, og de er ikke tilfredse da de opdager at hovedlejerne ikke længere sidder separat men er samlet sammen med krumtaphuset. De skal nu skiftes for hver 16000 km. Og endnu værre, så kan motoren ikke rigtig klare efterkrigstidens dårlige benzinkvalitet, som tit stopper smørrekanalerne med uforbrændte partikler.